Seperti halnya cara pemakaian pestisida kimia atau pestisida pada umumnya, pestisida nabati juga dapat diaplikasikan dengan menggunakan alat semprot (sprayer) yang digendong. Namun, apabila tidak dijumpai alat semprot, aplikasi pestisida nabati dapat dilakukan dengan bantuan kuas penyapu (pengecat) dinding atau merang yang diikat. Caranya, alat tersebut dicelupkan kedalam ember yang berisi larutan pestisida nabati, kemudian dikibas-kibaskan pada tanaman.
Supaya penyemprotan pestisida nabati memberikan hasil yang baik, butiran semprot harus diarahkan ke bagian tanaman dimana hama sasaran berada. Apabila sudah tersedia ambang kendali hama, penyemprotan pestisida nabati sebaiknya berdasarkan ambang kendali. Untuk menentukan ambang kendali, perlu dilakukan pengamatan hama seteliti mungkin. Pengamatan yang tidak teliti dapat mengakibatkan hama sudah terlanjur besar pada pengamatan berikutnya dan akhirnya sulit dilakukan pengendalian.
Supaya penyemprotan pestisida nabati memberikan hasil yang baik, butiran semprot harus diarahkan ke bagian tanaman dimana hama sasaran berada. Apabila sudah tersedia ambang kendali hama, penyemprotan pestisida nabati sebaiknya berdasarkan ambang kendali. Untuk menentukan ambang kendali, perlu dilakukan pengamatan hama seteliti mungkin. Pengamatan yang tidak teliti dapat mengakibatkan hama sudah terlanjur besar pada pengamatan berikutnya dan akhirnya sulit dilakukan pengendalian.
